在体钙离子成像 :
钙离子成像需要用小动物内窥成像仪来完成。在动物麻醉和清醒状态下均可进行在体钙离子成像。
动物麻醉状态下，用脑立体定位的方法找到目标核团，然后注射能结合钙离子的荧光染料或携带荧光染料的病毒。待染料转载完毕或病毒转染完毕后，在动物颅骨上磨出一个足够探头下入的洞口，挑开硬脑膜，使用立体定位仪将探头向下进入目标核团，记录神经元的荧光信号，即为神经元钙离子信号。如果需要进行清醒动物的钙离子成像，则在动物麻醉状态下，向目标核团注射染料或病毒，待转载或转染完毕后，在目标核团上方的颅骨埋下探头的外套管。等待动物清醒后，安装探头即可进行记录。
在体钙离子成像可以在动物正常生理状态下进行实时记录，因此得到的结果比脑片等离体成像更具真实性和可靠性。而且，埋好套管后的动物，可在清醒状态下进行多次阶段性的成像和钙信号记录。本方法主要用于心理与行为的细胞机制的研究。